Johannes Spalinger ist seit 1998 als Leiter der Pädiatrischen Tagesklinik und der Kinder-Gastroenterologie am Kinderspital Luzern tätig, seit 2000 als Leitender Arzt. Er hat die Kinder-Gastroenterologie in der Klinik aufgebaut, dies nach einem dreijährigen Weiterbildungsaufenthalt in Kanada. 

Mit dem Aufbau der Kinder-Gastroenterologie hat Spalinger laut einer Mitteilung eine moderne pädiatrische Gastroenterologie etabliert und besonders auch die Möglichkeiten der Endoskopie-Diagnostik bei Kindern geschaffen. Sein besonderes Interesse gilt den Kindern und Jugendlichen mit chronisch entzündlichen Darmerkrankungen, den Zöliakie-Betroffenen und den Kindern mit schweren Darmversagen.

Ein Schwerpunkt seiner Tätigkeit ist die Ernährung von gesunden und kranken Kindern aller Altersstufen. Seit 2009 ist er Vorsitzender der Ernährungskommission des Luzerner Kantonsspitals. Als Leiter der Pädiatrischen Tagesklinik ist er wesentlich beteiligt an der kontinuierlichen Weiterentwicklung, Integration und interdisziplinären Zusammenarbeit aller pädiatrischer Schwerpunkte und der Kinderchirurgie. 

Nebst seiner Tätigkeit im Kinderspital hat Spalinger ein 20-Prozent-Pensum als externer Konsiliararzt an der Universitätskinderklinik Bern und einen Lehrauftrag an der Universität Bern. er ist zudem aktives Mitglied in mehreren nationalen und internationalen Fachgesellschaften für Kindergastroenterologie, darunter auch im Wissenschaftlichen Beirat der schweizerischen Forschungsgruppe für chronisch entzündliche Darmerkrankungen und der Interessengemeinschaft Zöliakie.